Con la campaña de excavaciones arqueológicas del año 1999 se culminaba una etapa en la historia de la presencia española en el yacimiento de Tusculum: en aquel año se daba por concluido al 30 de octubre el proyecto de investigación, a través del cual la DGESIC del Ministerio de Educación y Cultura había financiado los trabajos, y se solicitaba la renovación del mismo con una serie de modificaciones significativas tanto a las zonas concretas de excavación, como a la lista de las instituciones que participaran directamente al proyecto.

Así pues se optó por organizar una campaña de excavación destinada a concluir definitivamente las labores derivadas de los trabajos desarrollados a lo largo del periodo 1994-1999 y, al mismo tiempo, preparar el yacimiento para los proyectos futuros.
Las nuevas excavaciones se realizaron del 14 de junio al 9 de julio y participaron los cinco equipos de la EEHAR-CSIC, la Universidad del País Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea, la Universidad de La Rioja, el Museu d’Arqueologia de Catalunya-Empúries y el Consorcio de la Ciudad Monumental, Histórico-Artística y Arqueológica de Mérida (Proyecto de Investigación Coordinado “Excavaciones arqueológicas y estudio histórico-urbanístico de la ciudad de Tusculum (Lacio, Italia)” – PB95-0030-C05). La campaña arqueológica, dirigida por Xavier Dupré, se realizó como siempre gracias al permiso concedido por el Ministerio per i Beni e le Attività Culturali a través de la “Soprintendenza per i Beni Archeologici per il Lazio” y a la colaboración tanto económica como logística de la XI Comunità Montana del Lazio.
La intervención en el área del teatro se centró en resolver cuestiones que todavía quedaban abiertas, con el objetivo de obtener una visión global del edificio y de su evolución. Nuevos sectores de excavación se abrieron tanto en el extremo meridional del cuerpo escénico del teatro, en particular en los restos de las estructuras pertenecientes a la sala de máquinas para el funcionamiento del auleum del teatro, como en el postscaenium del edificio.
Los integrantes del equipo del MAC-Empúries se dedicaron principalmente al estudio de los materiales arqueológicos exhumados en las campañas anteriores. Una pequeña intervención se realizó en la llamada cisterna arcaica, permitiendo recuperar la volumetría antigua de la estructura abovedada e identificar los restos de su antigua puerta de acceso.
Los trabajos realizados por el equipo de Mérida en el área meridional del foro se centraron en completar la documentación planimétrica de la zona y en realizar excavaciones en puntos concretos para determinar las características formales de edificios identificados anteriormente o para precisar su cronología. Igualmente, en el área occidental del foro, los integrantes del equipo del País Vasco se dedicaron a resolver cuestiones todavía abiertas y definir cronologías, como por ejemplo identificar el punto de conjunción entre las estructuras del pórtico que cerraba el foro por el Oeste con las del pórtico que lo cerraba por su lado septentrional. Por otra parte, continuaron los trabajos para conocer el acceso sur al foro y se hallaron distintas estructuras medievales fechadas entre los siglos X-XII sobre las estructuras clásicas del complejo monumental, tanto en el teatro como en la plaza del foro.
Finalmente, en lo que se refiere a las investigaciones en el área extraurbana al sur del complejo, se localizó una villa suburbana de la cual se pudieron documentar pavimentos y estancias quedando fechada su construcción en el siglo I a.C. Dicho espacio quedó amortizado y reutilizado en el siglo X, cuando sobre sus restos se erigió una iglesia medieval de tres naves orientada al este a la que se asocian los enterramientos hallados en este sector en años anteriores, siendo el primer lugar de culto de esta época hallado en la ciudad de Tusculum.