A partir del año 2012 se decidió repensar la filosofía misma del proyecto, centrándose en el estudio de los aspectos de la vida cotidiana de la ciudad, cruciales para entender la historia económica y social de Tusculum. Gracias a los estudios paleoambientales, hemos podido obtener nuevas informaciones sobre el clima, la evolución histórica de la vegetación y del paisaje, y la interacción entre la comunidad local y su entorno.

Los estudios arqueobotánicos y arqueozoológicos han sido llevados a cabo por el Laboratorio de Arqueobiología del Instituto de Historia del CSIC de Madrid, con el fin de reconstruir los patrones de aprovechamiento de los recursos vegetales y faunísticos en el territorio explotado por los habitantes de Tusculum. Durante las campañas arqueológicas se ha planteado una recogida sistemática -siempre que fuera posible- de muestras, instalándose una máquina de flotación para procesar el sedimento del yacimiento. El muestreo ha permitido no sólo observar los taxones presentes, sino la posible distribución espacial de los materiales. De momento, los taxones individuados a Tusculum corresponden principalmente a tres tipos de plantas cultivadas -cereales, leguminosas y frutales- y se han documentado igualmente plantas silvestres.

En todos los contextos prevalecen los cereales, en particular los trigos desnudos (Triticum aestivum y durum), representados únicamente por los granos, mientras que no se han recuperado restos alguno de paja, de lo que se desprende la hipótesis de que ya estaban almacenados, limpios y procesados. Usado para fines alimenticios, tales tipos de trigo fueron considerados durante mucho tiempo un bien destinado a las clases sociales más ricas, mientras las clases inferiores utilizaban fundamentalmente otra variedad, como la cebada (Hordeum vulgare) y el mijo (Panicum miliaceum). Entre las leguminosas, las habas (Vicia faba) son la especie más representada, mientras que las lentejas (Lens culinaris) solo se documentan esporádicamente. También se atestigua la presencia de almorta (Lathyrus sativus e cicera), destinada a la dieta humana, y la vicia (Vicia sativa), empleada para la alimentación de las bestias. Entre los frutos sobresale la presencia de la uva (Vitis vinifera), la oliva (Olea europea), los higos (Ficus carica), las castañas (Castanea sativa) y las nueces (Juglans regia); también se presentan las bellotas, destinadas principalmente a la alimentación de los cerdos. La mayor parte de las especies silvestres documentadas pertenecen a variedades ruderales, que pueden crecer tanto en el campo cultivado como en terrenos escasamente antropizados, como en parcelas libres o a lo largo de los senderos.

Los datos arqueobotánicos se complementan con los proporcionados por el análisis faunístico. El análisis de las frecuencias de las diferentes especies, de las edades de sacrificio, así como el estudio de los modos de procesamiento, preparación y consumo de las carcasas permiten explorar los modelos de gestión y aprovechamiento de las especies explotadas a lo largo del tiempo, así como indagar sobre los diferentes factores económicos y socio-culturales que influyeron en los diferentes sectores de la sociedad tusculana. La homogeneidad de los valores obtenidos demuestra que los patrones de consumo sufrieron pocas variaciones en época medieval (XI-XII s.), con un claro predominio de las especies domésticas (bovinos, ovicaprinos y suidos) y un consumo preferente de carne de animales adultos. Por lo que se refiere a la presencia de otros animales, se ha podido constatar la presencia de especies salvajes relacionadas con la caza (ciervos, corzos, jabalíes, liebres, perdices, palomas).

Para finalizar, hay que señalar que los estudios arqueobiológicos cuentan además con el estudio palinológico que se lleva a cabo entre el Laboratorio di Palinologia e Paleobotanica del Departamento de Ciencias de la Vida de la Università di Modena-Reggio Emilia y del Dipartimento di Biologia Ambientale de la Facultad de Biología  de la Sapienza, Università di Roma, que nos está permitiendo conocer la evolución de la vegetación y del paisaje de Tusculum en época romana y medieval. Para desarrollar estos aspectos se están realizando muestreos en diferentes partes del yacimiento, con el fin de reconstruir las diferentes comunidades vegetales presentes en este territorio  (zonas de pastos, bosques, campos de cultivo), así como su evolución y modos de aprovechamiento por parte de las comunidades humanas presentes en la zona.